Hypotéza genetickej predispozície

     Pracuje sa s teóriami, že mizofónia môže byť geneticky predisponovaná.          Jedna vychádza zo spojitosti mizofónie s obsedantno- kompluzívnou poruchou, pričom sa vie, že táto porucha je geneticky predisponovaná. 

     Ďalšia hovorí o dedičnosti mizofónie - na základe výsledkov štúdie, ktorej účastníci trpeli touto poruchou a tretina z nich hlásila rodinnú anamnézu s rovnakou symptomatológiou, v niektorých prípadoch kritériá pre diagnózu tejto poruchy spĺňalo aj 15 členov tej istej rodiny. 

     23andMe (spoločnosť s dna testami) uviedla, že genetický marker umiestnený v blízkosti génu TENM2 zapojeného do vývoja mozgu je spojený s pocitom zúrivosti pri spúšťacích zvukoch a týmito stavmi zväčša trpia jedinci s európskymi predkami. 

Hypotéza neurobiologických zmien

      Mizofonické odpovede majú podľa nej vznikať v dôsledku zmeny fungovania limbického systému a autonómneho nervového systému, ktoré reagujú abnormálne na sluchový vstup normálnej intenzity. Príčinou má byť aj zvýšenie nervovej aktivity vo vizuálnej kôre, temporálnej kôre, amygdale a prednej inzule.

     U ľudí s mizofóniou bola zaznamenaná zvýšená funkčná konektivita medzi sluchovou kôrou a orofaciálnymi motorickými oblasťami v reakcii na všetky typy zvuku; okrem toho sa tiež zvýšila aktivácia orofaciálnej motorickej oblasti v reakcii na spúšťacie zvuky.

    Viacerí autori si myslia, že keďže mizofonické signály boli identifikované ako významné informácie, došlo k zvýšeniu kardiovaskulárneho vzrušenia a iných autonómnych reakcií. Hyperreaktivita pozorovaná v pravej hornej temporálnej kôre by potom vysvetľovala zvýšenie pozornosti mizofonických jedincov na spúšťací stimul v dôsledku nadmerného vyhodnotenia relevantnosti tejto oblasti pre sluchovo selektívnu pozornosť 

Podmieňujúca hypotéza

     Táto hypotéza hovorí o tom, že mizofonická odpoveď funguje ako podmienené správanie prostredníctvom klasického podmieňovania: existuje neutrálny stimul (napr. žuvací hluk), ktorý po asociovaní s averzívnym nepodmieneným stimulom spustí rovnakú nepodmienenú reakciu (hnev, podráždenie atď). 

      Následná emocionálna a fyziologická reakcia je výsledkom aktivácie limbického a autonómneho nervového systému, ktorá vedie k iracionálnym reakciám na podmienený stimul.